（1）整合功能。首先，股份合作经济是以不触动家庭联产承包制这个基础为前提条件的。其次，股份合作经济组织强化了集体统一经营的功能，这包括对农业生产经营，股份合作经济组织特别是社区性股份合作经济组织为农户提供了产前、产中、产后和农业基础设施建设等一系列社会化服务。最后，股份合作经济组织在二、三产业坚持了集体统一经营，从而将广大农民在商品经济条件下组织起来，为实现共同富裕打下了坚实的组织制度基础。

　　（2）融资功能。中国农村股份合作经济是在合作经济或者说传统的集体经济基础上引入股份制某些适宜机制的新型经济组织形式，从而引进了股份制的融资机制，亦即融资功能，这也是股份合作经济与传统集体经济的一大区别点。

　　（3）积累功能。不论是原有的集体经济还是股份合作经济，国家都有政策规定提留一定比例的公共积累。股份合作经济从组织制度的根本上解决了农村集体经济积累功能孱弱缺陷，为充实、壮大集体经济实力找到了一条好路子。

　　（4）优化生产要素组合功能。以资金和劳动两重联合为基本特征的股份合作经济，利用了资金具有自由流动、自由转化形态的特点，可以根据自身经济发展的要求，以资金为媒体，实现各种生产要素（如以生产资料、土地、资金技术、住处设备、商标、管理等入股）的优化组合。

　　（5）协调功能。首先，通过股份合作的形式，拓展了农村经济参与社会分工的内容和形式，从而改变了农村在全社会分工体系中的地位。其次，通过股份合作经济的组织方式，明晰了集体经济的产权归属，使集体经济成为一个独立的业缘组织系统，遏制了以平调等方式侵占农民利益的行为。最后，股份合作经济组织形成较为健全的管理监督机制，有效地规范了村干部的行为，农民的利益得到保障。

　　（6）民主管理功能。这体现在这几方面：股份合作经济遵循合作制一人一票制的原则，股份合作经济通过明晰产权，较好地实现政企分开，为民主管理提供了前提条件。组织架构权责分明，相互制衡，又各司其职，保证了股份合作经济组织能依据全体成员的共同意愿运作，实现民主管理的目标。